Masaki Samejima

Masaki Samejima

Machine Learning Solutions Architect.

WindowsへのPySPQRのインストール

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PySPQRのWindows 10へのインストール方法について説明します。

なぜPySPQRか

  • ScipyにはSparse matrix向けのQR分解がありません.
  • Dense matrix向けはありますが，todense()するとメモリで死んでしまいます．
  • SuiteSparseを使うとできるけどpythonで使えない.
  • Python wrapperのPySPQRを使う．

環境

  • Windows 10
  • Microsoft Visual Studio 14.0 (SuiteSparseのコンパイルにいる）
  • Python 3.5 (2.7でも成功しました)

SuiteSparseをインストール

公式にはないけど，windows用のインストール用CMakeがある．

  • suitesparse-metis-for-windowsを使う．以下のURLの手順に従う．
  • https://github.com/jlblancoc/suitesparse-metis-for-windows
  • (4)CMakeで必ず自分のVisual StudioのVersionを選ぶこと．(4)の他のステップはしなくてもよかった．
  • (5)Visual Studioでコンパイルすると，build/lib/Releaseフォルダができて，そこにlibファイルができる（あとで使う）

PySPQRをインストール

  • とりあえずdirect installを試す．
    • 色々とやり方https://github.com/yig/PySPQRが書いてありますが，Directlyを選びます．
    • つまり，PySPQRのプロジェクトをダウンロードし，sparseqrのフォルダをPythonのプロジェクトにぶち込みます．
    • pythonのファイルからimport sparseqrしてpythonを実行してみます．
  • ヘッダファイルが無いよというエラーが出ます．
    C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\VC\BIN\x86_amd64\cl.exe
/c /nologo /Ox /W3 /GL /DNDEBUG /MD -I/usr/include/suitesparse
-IC:\Users\(なんとかかんとか)\include (なんとかかんとか)
"SuiteSparseQR_C.h" (そんなファイル無い的な)
    • suitesparse-metis-for-windowsのフォルダのどこかにヘッダファイルがあります．
    • 探してエラーメッセージ中のC:\Users(なんとかかんとか)\includeとかに入れてあげます．
    • 必要なヘッダファイルは1つではありません．pythonを実行して，エラーがなくなるまで入れ続けます．

  • ヘッダファイルを全部入れるとlibファイルが無いよと言ってきます．

    C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\VC\BIN\x86_amd64\link.exe /nologo
/INCREMENTAL:NO /LTCG /DLL /MANIFEST:EMBED,ID=2   /MANIFESTUAC:NO /LIBPATH:C:\Users\（なんとかかんとか）\libs
/LIBPATH:C:(なんとかかんとか）LINK : fatal error LNK1181: 入力ファイル 'spqr.lib' を開けません。
    • このlibファイルは前述のbuild/lib/Releaseフォルダ以下のlibファイルです．ファイル名の冒頭に余計なlibがついているので消してコピーします．

  • しかしまだうまく行きません．

    ライブラリ .\Release\sparseqr\_sparseqr.cp35-win_amd64.lib とオブジェクト
  .\Release\sparseqr\_sparseqr.cp35-win_amd64.exp を作成中
_sparseqr.obj : error LNK2001: 外部シンボル "cholmod_l_check_triplet" は未解決です。...
    • PySPQRのsparsesqrフォルダにあるparseqr_gen.pyを編集します．
    • 19行目のlibrariesでspqrだけ指定されていますが，ぶちこんだlibを全部指定します．
    libraries=['amd','btf','camd','ccolamd','cholmod','colamd','cxsparse','klu','lapack','ldl','lumfpack','metis',
'suitesparseconfig','spqr','libblas'])

  • DLLが無いとか言ってくるんですが．．．

    • suitesparse-metis-for-windowsのlib64\lapack_blas_windowsの中のdllを全部sparseqrのフォルダにぶち込む．

  • これでpythonを実行すればうまく行きました．お疲れさまでした．

  • PySPQRのissueに回答しました.